В 1810 году Томон обратился в Ученый совет Академии художеств с письмом, в котором говорилось: «… я в течение тридцати лет всегда занимался архитектурой…, осмеливаюсь надеяться, милостивые государи, что Вы не откажете в моей просьбе, с которой я имею честь к Вам обратиться, а именно добавить к тем почестям, которые я от Вас получил, звание профессора архитектуры».
1 сентября 1810 Тома де Томону было присвоено звание профессора архитектуры.
В 1811 году в Институте инженеров путей сообщения освободилось место заведующего кафедрой рисования и архитектуры. Томон мечтал заняться педагогической деятельностью, и 20 июля 1811 года его мечта сбылась. Он был определен профессором в этот институт с чином майора.
Здание института, в котором начал свою преподавательскую работу Томон, со временем перестало соответствовать условиям для проведения занятий. Было принято решение о строительстве нового специального здания института. Поректированием и строительством института стал заниматься Томон.
В этом же году, для летней резиденции Александра I Каменноостровского дворца, Томон выполнил проект планировки сада. Этот дворец был выстроен талантливым русским архитектором В. И. Баженовым для Павла I.
В последние годы жизни Томон совмещал свою основную работу с работой художника на стекольной и фарфоровой фабриках.
23 августа 1813 года, на 53-м году жизни, полный творческих идей, в расцвете своей архитектурной карьеры, Томон скоропостижно скончался. Похоронили его на Лазаревском кладбище. На могиле установили гранитное надгробие (рис. V.221).
На собрании Академии художеств, посвященном памяти профессора перспективы и архитектуры Тома де Томона, было сказано, что «способность сего отличного художника состояла в богатстве идей, скорости сочинения и красоте рисунка». Потеря этого великолепного архитектора была «столько же чувствительной для друзей его, сколь важной для художества»’.
После смерти Томона осталось много картин, библиотека и богатейшее архитектурное наследие. Несмотря на все попытки вдовы Томона продать большое количество чертежей архитектора, покупателей не находилось. Тогда вдова предложила их императору Александру I.
Купив чертежи, Александр I передал их Эрмитажу, где они хранятся и до настоящего времени.